Das Institut für Vorurteils- und Konfliktforschung wurde in der Rechtsform eines gemeinnützigen eingetragenen Vereins im September 2002 von Mitarbeitern des Zentrums für Antisemitismusforschung der TU Berlin gegründet.
Den Anstoß hatte die Notwendigkeit gegeben, für Mitarbeiter in Drittmittelprojekten, die nach dem Hochschulrahmengesetz nicht an der Universität weiterbeschäftigt werden durften, ein Beschäftigungsverhältnis zu bieten. Eine weitere Intention war es, studentischen Initiativen zu helfen, Mittel für Projekte einzuwerben, dafür wurden die notwendigen institutionellen Strukturen bereitgestellt. Eine Gründungsidee war es auch, Studien zu ermöglichen oder Seminarveranstaltungen durchzuführen, die ohne bürokratische Reibungsverluste aus aktuellem Anlass notwendig schienen.